[1]刘家艳,权俊萍*,沈薛洁,等.川山茶ISSR-PCR及SSR-PCR优化体系建立及比较[J].江苏林业科技,2016,43(05):1-7.[doi:10.3969/j.issn.1001-7380.2016.05.001]
　LIU Jia-yan,QUAN Jun-ping*,SHEN Xue-jie,et al.Optimization of Sichuan Camellia ISSR-PCR and SSR-PCR reaction systems[J].Journal of Jiangsu Forestry Science &Technology,2016,43(05):1-7.[doi:10.3969/j.issn.1001-7380.2016.05.001]
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川山茶ISSR-PCR及SSR-PCR优化体系建立及比较()
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《江苏林业科技》[ISSN:1001-7380/CN:32-1236/S]

卷:
第43卷
期数:
2016年05期
页码:
1-7
栏目:
试验研究
出版日期:
2016-10-30

文章信息/Info

Title:
Optimization of Sichuan Camellia ISSR-PCR and SSR-PCR reaction systems
文章编号:
1001-7380（2016）05-0001-07
作者:
刘家艳1; 权俊萍1*; 沈薛洁1; 卢娟芳2; 田波1; 陈启航1
1.重庆市南山植物园管理处，重庆400065；
2. 西南大学园艺园林学院，重庆400716
Author(s):
LIU Jia-yan1;  QUAN Jun-ping1*;  SHEN Xue-jie1;  LU Juan-fang2;  TIAN Bo1;  CHEN Qi-hang1
1.Nanshan Botanical Garden Management Office, Chongqing 400065, China；
2.School of Horticulture and Landscape Architecture, Southwest University, Chongqing 400716, China
关键词:
川山茶; ISSR-PCR; SSR-PCR; 引物; 退火温度; TaqDNA聚合酶; 正交设计; 优化体系
Keywords:
Sichuan Camallia; ISSR-PCR; SSR-PCR; Primer; Annealing temperature; Taq DNA polymerase; Orthogonal design; Optimized system
分类号:
S685.14
DOI:
10.3969/j.issn.1001-7380.2016.05.001
文献标志码:
A
摘要:
以川山茶品种“茶睡莲”为试验材料，以改良CTAB法提取高质量DNA，采用正交设计L16(45)，探讨了Mg2+、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶和模板DNA浓度对川山茶ISSR-PCR和SSR-PCR反应体系的影响。建立了相关优化体系：20 μL的ISSR-PCR扩增体系中含20 ng 模板DNA，2 μL10×Buffer，2 mmol/L Mg2+，0.15 mmol/L dNTPs，0.6 μmol/L引物和1 U TaqDNA聚合酶，扩增退火温度为55 ℃，35个循环；20 μL的SSR-PCR扩增体系中含50 ng模板DNA，2.5 mmol/L Mg2+，0.05 mmol/L dNTPs，0.2 μmol/L引物和0.5 U TaqDNA聚合酶，最佳退火温度为52 ℃，最佳循环数为38。应用该优化体系，分别用27个川山茶品种DNA进行了ISSR-PCR扩增和SSR-PCR扩增，结果显示，建立的优化体系具有较高稳定性。
Abstract:
To obtain stable ISSR-PCR and SSR-PCR amplification systems of Camellia japonica , the optima were explored by the orthogonal design in 5 factors (DNA template, Mg2+, dNTPs, primers and Taq DNA polymerase) at 4 levels with variety ‘Chashuilian’ as tested material. The experimental results showed that the optimized ISSR-PCR system for Camellia japonica ‘Chashuilian’ was established as follows, 20 ng DNA template，2 μL 10×Buffer, 2 mmol/L Mg2+, 0.15 mmol/L dNTPs, 0.6 μmol/L primer and 1 U Taq DNA polymerase and the optimal annealing temperature was 55 ℃ for UBC853 primer. And the optimized SSR-PCR system was established as follows,50 ng DNA template，2 μL 10×Buffer, 2.5 mmol/L Mg2+, 0.05 mmol/L dNTPs, 0.2 μmol/L primer and 0.5 U Taq DNA polymerase and the optimal annealing temperature was 52 ℃ for A55 primer. After 27 cultivars of Sichuan Camellia were used to test the stabilization of the optimized reaction system, respectively, the results indicated that the optimized reaction system was very stable.

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2016-07-05;修回日期：2016-09-05
基金项目：重庆市科学技术委员会基础前沿研究项目(cstc2014jcyjA1669);重庆市园林局科技示范项目（园科字2013(9)）
作者简介：刘家艳（1990- ），女，湖北仙桃人，硕士。主要从事园林植物研究。E-mail: 1143076282@qq.com。
*通信作者：权俊萍（1973- ），女，新疆石河子人，高级工程师，博士。研究方向：园艺园林植物种质资源及遗传育种。
更新日期/Last Update: 2016-11-10